Pemupukan dilakukan setelah tindakan kultur teknis**. Kultur Teknis seperti pemangkasan, pengelolaan penaungan, dan pengendalian terhadap gulma
Penggunaan pupuk organik biasanya dilakukan **sebanyak 2 kali dalam setahun** yakni pada awal dan akhir musim penghujan
Jenis pupuk yang digunakan dapat berupa **pupuk majemuk**, Jenis pupuk nya seperti NPK MUTIARA dan pupuk ZA dengan perbandingan 1 : 1 dengan pengaplikasian dosis 400 gram perpohon sehingga dalam setahun ada 800 gram, Jika seandainya ingin ditmbahkan dosisnya, lebih baik untuk menambahkan interval waktu pemupukan sebanyak 3 kali
Pada instansi besar sebelum dilakukan penanaman perlu dianalisis jaringan tanaman dengan tanahnya, kegiatan ini bertujuan untuk melihat kekurangan pada tanaman tersebut, namun kegiatan ini membutuhkan biaya yang lebih mahal. Analisis lab biasanya dailakukan 5 tahun sekali
Cara pemupukannya dilakukan dengan cara melingkar yakni dengan menggali lubang dalam bentuk lingkaran mengelilingi pohon dengan jarak dari pohon sekitar 60-70 cm. yang perlu diperhatikan pada saat setelah menabur pupuk disarangkan untuk secepatnya menutup lubang agar tidak terjadi penguapan, selesaikan pemupukan satu pohon sebelum pindah ke pohon yang lain. Penting untuk diperhatikan juga cara penutupan lubang pupuk agar di lakukakan secara merata.
Takaran yang bisa digunakan untuk pemupukan kakao yakni Pada musim awal tanam dapat menggunakan dosis 50 gram untuk umur tanam sampai satu tahun, pada tahun berikutnya dapat ditambahkan 50 gram sehingga dosis yang diberikan mencapai 100 gram, tahun berikut nya bisa menggunakan dosis 150-200 gram, Selanjutnya di tahun selanjutnya tanaman kakao kemungkinan sudah berbuah sehingga sudah dapat menggunakan 400 gram.
Pupuk anorganik dberikan pada awal dan akhir musim penghujan sedangkan Untuk pupuk anorganik dapat diberikan pada awal musim kemarau. Jadi proses pemupukan tidak di tentukan oleh bulan melaingkan melihat dari musim penghujannya.
Proses persiapan lahan dapat dilakukan selama satu tahun, hal hal yang dilakukan seperti melakukan penanaman tanaman penaung, membuat lubang tanam minimal 6 bulan sebelum masa tanam, kita dapat melakukan penanaman tanaman lain selama masa tunggu seperti tanaman jagung.
